大约同时，围攻太原的济尔哈朗、叶臣两军，获悉多尔衮全军覆没的消息以后，即撤围退回大同。刘体纯、刘汝魁遂督河防兵大举北进，收复真定、保定二府后，在七月间自倒马关进入山西，与陈永福、姜镶二军会师大同城下，经过三个月的围城战后，顺军在冬天来临前攻破大同，济尔哈朗自焚死、叶臣被俘后械送开封；
留守北京的代善，早在去年四月获悉多尔衮被俘的消息以后，就预感到清军在关内的统治命不久矣了。从四月下旬起，代善便开始有组织地毁坏宣府、北京、永平等地的城市，清军花费了几个月时间焚烧屠掠，又强行将大批百姓迁往关外，沿途死者十余万人；
到去年十月时，随着大同被顺军强行攻破，代善用最后一把火烧毁了紫禁城。清军在系统性地毁灭京师以后，携带不可计数的金银财货出关撤回辽东。顺军水师则以登州府为基地，浮海运送一部分精兵至天津登陆，同准备撤到关外的残清余部展开了极为激烈的交锋，由于顺军浮海兵力有限，虽然重创清军，夺回百姓、财物以百万计算，但代善还是成功携带昭和、同治二帝返抵盛京；
留在陕西的多铎、吴三桂二部，同西明军、顺军的战事最为激烈。由于顺军兵力有限，主要以防守潼关为主，消灭清军西路军主力的任务落到了张献忠的肩上。西明军北出汉中后，在大散关、和尚原、陈苍山接连与吴三桂交手，两军胜负相参、杀伤相当，后吴三桂引军退往五丈原，西明军主力由张献忠亲督追至，不幸中伏，张献忠为清军冷箭射死；
孙可望闻张献忠死后，即立即率军从陈仓赶至五丈原增援。在潘独鳌、徐以显、李定国等人的压力下，孙可望于军中拥立张献忠未满一岁的幼子为幼天王，全军士气得以振作。当天夜晚，李定国便亲自带领精兵二千人劫营，趁清军白天大胜无备之机，连破吴三桂营盘三十余座；
翌日，由于吴三桂听闻高一功已经出潼关向西安逼近，自觉在大顺军那边讨不了好的吴三桂，便在无可奈何之下发动兵变，囚禁多铎以后向孙可望投降。孙可望为了同顺军争夺关中，便收吴三桂为义子，更其姓名为孙三桂后，以降军夺取了西安及陕西多数地区。